Проектом благоустройства выделяется и сохраняется историческое ядро территории в садово-парковом стиле, вводится познавательный маршрут, разделяются смешанные ранее потоки пешеходов и транспорта.
Местные жители используют территорию больницы и ее исторический сквер для тихого отдыха, поэтому из закрытой и сугубо специализированной, территория больницы становится более универсальной и открытой для посетителей и пациентов, выполняя функцию парка для близлежащих жилых кварталов.
Благоустройство территории выполняется в комплексе с реконструкцией лечебных корпусов, территория приводится в соответствие современным стандартам качества городской среды. Мероприятия по благоустройству являются важной частью «Программы реконструкции и развития ГКБ им. С.П. Боткина», утверждённой Департаментом здравоохранения г. Москвы.